Durant l'infâme période où Horus et ses sbires se rebellèrent contre l'Empereur et le déclarèrent "faux-Empereur", les Space Wolves furent engagés dans de nombreux conflits mais ne participèrent pas directement à la guerre pour le contrôle du palais impérial sur Terra. Ils livrèrent bataille contre un des Chapitres renégats en particulier, les Thousand Sons. Son Primarque, Magnus le Rouge, un géant aux cheveux de feu ornés d'un seul et unique oeil cyclopéen, avait usé d'arts blasphématoires et interdits en avertissant l'Empereur par un message télépathique de la trahison de son fils préféré, Horus. L'Empereur furieux se rendit compte plus tard que Magnus avait eu raison, mais le Chaos avait pernicieusement fait son office en attirant son fils Magnus dans les méandres de la perdition psychique. Il demanda à Leman Russ de lâcher ses Spaces Wolves sur le monde de Magnus, Perturabo, et d'anéantir sa légion, qui venait de se rallier à Horus en reniant le faux-Empereur.
Les Spaces Wolves et les Thousand Sons se battirent avec une férocité égale pendant des jours, les uns au nom de leur Primarque et pour défendre leur monde, les autres au nom de l'Empereur et pour faire payer dans le sang la trahison et le blasphème de leurs anciens frères Marines devenus hérétiques, parjures et manipulés par les dieux des forces obscures. Finalement, les Space Wolves broyèrent la résistance ennemie sous leurs griffes et Leman faillit tuer Magnus lors d'un duel resté comme l'un des piliers légendaires de l'histoire des Space Wolves. Malgré les pertes, les Thousand Sons ne furent pas anéantis et s'enfuirent sans doute par un portail Warp, bien que le mystère demeure sur ce fait. Une Compagnie entière de Space Wolves, la Treizième Compagnie de Wulfen, se lança à leur poursuite mais ne réapparut jamais, et cette compagnie est devenue depuis un mythe auréolé à la fois de mystère et de fascination.
Lors de la fête annuelle de l'Ascension de l'Empereur qui suivit cet épisode, une beuverie organisée dans le palais du roi sur Fenris, Leman Russ disparu avec sa suite de guerriers, après avoir jeté le trouble dans l'assistance. Personne ne revit jamais le Primarque et les seul paroles qu'il laissa derrière lui furent les suivantes : "Je finirai par revenir vers vous. Pour la bataille final. Pour l'heure du Loup." Les siècles suivants furent ceux de la "Grande Chasse", dans laquelle les Spaces Wolves écumant l'espace fondaient l'espoir de retrouver une trace de leur Primarque. Elle pris fin sans qu'aucun indice ne puisse être trouvé, et il en fut de même pour les Grandes Chasses suivantes.
Depuis lors, le Chapitre a combattu l'ennemi avec une fureur et une ferveur incommensurable, arborant fièrement ses trophées. Les rituels et ornementations Space Wolves sont parmi les plus singuliers d'entre ceux des Chapitres Space Marines, où les fourrures bénites de loups et les talismans en os sont autant de symboles du culte rendu à Leman Russ et au monde de Fenris.